物理化学学报 >> 2012, Vol. 28 >> Issue (11): 2729-2734.doi: 10.3866/PKU.WHXB201208162
收稿日期:
2012-05-25
修回日期:
2012-08-16
发布日期:
2012-10-17
通讯作者:
李春华, 王存新
E-mail:chunhuali@bjut.edu.cn; cxwang@bjut.edu.cn
基金资助:
国家自然科学基金(31171267, 10974008), 北京市自然科学基金(4102006), 科技部国际合作项目(2010DFA31710)和北京市教委科技创新平台-自然基础研究项目资助
WANG Pan-Wen1, GONG Xin-Qi2, LI Chun-Hua1, CHEN Wei-Zu1, WANG Cun-Xin1
Received:
2012-05-25
Revised:
2012-08-16
Published:
2012-10-17
Contact:
LI Chun-Hua, WANG Cun-Xin
E-mail:chunhuali@bjut.edu.cn; cxwang@bjut.edu.cn
Supported by:
The project was supported by the National Natural Science Foundation of China (31171267, 10974008), Beijing Natural Science Foundation, China (4102006), International Science & Technology Cooperation Program of China (2010DFA31710), and Fundamental Research Fund for the Beijing Municipal Education Commission Science and Technology Innovation Platform, China.
摘要:
蛋白质-蛋白质复合物的结合位点预测是计算分子生物学的一个难题. 本文对蛋白质-蛋白质复合物数据集Benchmark 3.0 中的双链蛋白质复合物进行了研究, 计算了单体的残基溶剂可接近表面积和残基间的接触面积, 并据此提出了蛋白质表面模块划分方法. 发现模块的溶剂可接近表面积与其内部接触面积的乘积(PSAIA)值能够提供结合位点的信息. 在78 个双链蛋白质复合物中, 有74 个体系其受体或配体上具有最大或次大PSAIA值的模块是界面模块. 将该方法获得的结合位点信息应用在CAPRI竞赛Target 39 的复合物结构预测中取得了较好的结果. 本文提出的基于模块的蛋白质结合位点预测方法不同于以残基为基础且仅考虑表面残基的传统预测方法, 为蛋白质-蛋白质复合物结合位点预测提供了新思路.
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