(1) Hardy, J.; Selkoe, D. J. Science 2002, 297, 353. doi: 10.1126/science.1072994
(2) Roberson, E. D.; Mucke, L. Science 2006, 314, 781. doi: 10.1126/science.1132813
(3) Bush, A. I. Trends Neurosci. 2003, 26, 207. doi: 10.1016/S0166-2236(03)00067-5
(4) Jakob-Roetne, R.; Jacobsen, H. Angew. Chem. Int. Edit. 2009,48, 3030. doi: 10.1002/anie.v48:17
(5) Bush, A. I. J. Alzheimers Dis. 2013, 33 (Suppl 1), S277.
(6) Quist, A.; Doudevski, L.; Lin, H.; Azimova, R.; Ng, D.;Frangione, B.; Kagan, B.; Ghiso, J.; Lal, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 10427. doi: 10.1073/pnas.0502066102
(7) Jang, H.; Connelly, L.; Arce, F. T.; Ramachandran, S.; Lal, R.;Kagan, B. L.; Nussinov, R. Phys. Chem. Chem. Phys. 2013, 15,8868. doi: 10.1039/c3cp00017f
(8) Rauk, A. Chem. Soc. Rev. 2009, 38, 2698. doi: 10.1039/b807980n
(9) Sgourakis, N. G.; Yan, Y.; McCallum, S. A.;Wang, C.; Garcia,A. E. J. Mol. Biol. 2007, 368, 1448. doi: 10.1016/j.jmb.2007.02.093
(10) Yan, Y.;Wang, C. J. Mol. Biol. 2006, 364, 853. doi: 10.1016/j.jmb.2006.09.046
(11) Bitan, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002, 100, 330.
(12) Sánchez, L.; Madurga, S.; Pukala, T.; Vilaseca, M.; López-Iglesias, C.; Robinson, C. V.; Giralt, E.; Carulla, N. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 6505. doi: 10.1021/ja1117123
(13) Zhang, S.; Iwata, K.; Lachenmann, M. J.; Peng, J.W.; Li, S.;Stimson, E. R.; Lu, Y. A.; Felix, A. M.; Maggio, J. E.; Lee, J. P.J. Struct. Biol. 2000, 130, 130. doi: 10.1006/jsbi.2000.4288
(14) Morriss-Andrews, A.; Bellesia, G.; Shea, J. E. J. Chem. Phys.2012, 137, 145104. doi: 10.1063/1.4755748
(15) Xu, Y.; Shen, J.; Luo, X.; Zhu,W.; Chen, K.; Ma, J.; Jiang, H.Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 5403. doi: 10.1073/pnas.0501218102
(16) Straub, J. E.; Guevara, J.; Huo, S.; Lee, J. P. Accounts Chem. Res. 2002, 35, 473. doi: 10.1021/ar010031e
(17) Faller, P. ChemBioChem 2009, 10, 2837. doi: 10.1002/cbic.v10:18
(18) Faller, P.; Hureau, C. Dalton Trans. 2009, 1080.
(19) Duce, J. A.; Bush, A. I. Pro.Neurobiol. 2010, 92, 1. doi: 10.1016/j.pneurobio.2010.04.003
(20) Tõugu, V.; Tiiman, A.; Palumaa, P. Metallomics 2011, 3, 250.doi: 10.1039/c0mt00073f
(21) Miller, Y.; Ma, B.; Nussinov, R. Coord. Chem. Rev. 2012, 256,2245. doi: 10.1016/j.ccr.2011.12.022
(22) Pithadia, A. S.; Lim, M. H. Curr. Opin. Chem. Biol. 2012, 16, 67.doi: 10.1016/j.cbpa.2012.01.016
(23) Kepp, K. P. Chem. Rev. 2012, 112, 5193. doi: 10.1021/cr300009x
(24) Xu, L.;Wang, X.; Shan, S.;Wang, X. J. Comput. Chem. 2013,34, 2524. doi: 10.1002/jcc.v34.29
(25) Danielsson, J.; Pierattelli, R.; Banci, L.; Gräslund, A. FEBS J.2007, 274, 46. doi: 10.1111/j.1742-4658.2006.05563.x
(26) Drew, S. C.; Barnham, K. J. Accounts Chem. Res. 2011, 44,1146. doi: 10.1021/ar200014u
(27) Zirah, S. J. Biol. Chem. 2005, 281, 2151. doi: 10.1074/jbc.M504454200
(28) Tsvetkov, P. O.; Kulikova, A. A.; Golovin, A. V.; Tkachev, Y. V.;Archakov, A. I.; Kozin, S. A.; Makarov, A. A. Biophys. J. 2010,99, L84.
(29) Rezaei-Ghaleh, N.; Giller, K.; Becker, S.; Zweckstetter, M.Biophy. J. 2011, 101, 1202. doi: 10.1016/j.bpj.2011.06.062
(30) Mithu, V. S.; Sarkar, B.; Bhowmik, D.; Chandrakesan, M.;Maiti, S.; Madhu, P. K. Biophys. J. 2011, 101, 2825. doi: 10.1016/j.bpj.2011.10.023
(31) Yang, M.; Teplow, D. B. J. Mol. Biol. 2008, 384, 450. doi: 10.1016/j.jmb.2008.09.039
(32) Sgourakis, N. G.; Merced-Serrano, M.; Boutsidis, C.; Drineas,P.; Du, Z.;Wang, C.; Garcia, A. E. J. Mol. Biol. 2011, 405,570. doi: 10.1016/j.jmb.2010.10.015
(33) Chong, S. H.; Ham, S. Phys. Chem. Chem. Phys. 2012, 14,1573. doi: 10.1039/c2cp23326f
(34) Côté, S. B.; Derreumaux, P.; Mousseau, N. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2584. doi: 10.1021/ct1006967
(35) Côté, S.; Laghaei, R.; Derreumaux, P.; Mousseau, N. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 4043. doi: 10.1021/jp2126366
(36) Wise-Scira, O.; Xu, L.; Kitahara, T.; Perry, G.; Coskuner, O.J. Chem. Phys. 2011, 135, 205101. doi: 10.1063/1.3662490
(37) Lin, Y. S.; Bowman, G. R.; Beauchamp, K. A.; Pande, V. S.Biophys. J. 2012, 102, 315. doi: 10.1016/j.bpj.2011.12.002
(38) Li,W.; Zhang, J.; Su, Y.;Wang, J.; Qin, M.;Wang,W. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 13814. doi: 10.1021/jp076213t
(39) Wise-Scira, O.; Xu, L.; Perry, G.; Coskuner, O. J. Biol. Inorg. Chem. 2012, 17, 927. doi: 10.1007/s00775-012-0909-9
(40) Xu, L.; Gao, K.; Bao, C.;Wang, X. J. Comput.-Aided Mol. Des.2012, 26, 963. doi: 10.1007/s10822-012-9588-4
(41) Xu, L.;Wang, X.;Wang, X. Eur. Biophys. J. 2013, 42, 575. doi: 10.1007/s00249-013-0906-0
(42) Miller, Y.; Ma, B.; Nussinov, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.2010, 107, 9490. doi: 10.1073/pnas.0913114107
(43) Miller, Y.; Ma, B.; Nussinov, R. Chem. Rev. 2010, 110, 4820.doi: 10.1021/cr900377t
(44) Xu, L.;Wang, X.;Wang, X. ACS Chem. Neurosci. 2013, doi: 10.1021/cn4001445.
(45) Xu, L.; Shan, S.;Wang, X. J. Phys. Chem. B 2013, 117, 6206.doi: 10.1021/jp403288b
(46) Marrink, S. J.; Tieleman, D. P. Chem. Soc. Rev. 2013, 42,6801. doi: 10.1039/c3cs60093a
(47) Mu, Y.; Nguyen, P. H.; Stock, G. Proteins 2005, 58, 45.
(48) Nguyen, P. H. Proteins 2007, 67, 579. doi: 10.1002/prot.21317
(49) Bowman, G. R.; Beauchamp, K. A.; Boxer, G.; Pande, V. S.J. Chem. Phys. 2009, 131, 124101. doi: 10.1063/1.3216567
(50) Pande, V. S.; Beauchamp, K.; Bowman, G. R. Methods 2010,52, 99. doi: 10.1016/j.ymeth.2010.06.002
(51) Luhrs, T.; Ritter, C. Adrian, M.; Riek-Loher, D.; Bohrmann, B.Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 17342. doi: 10.1073/pnas.0506723102
(52) Maiorana, A.; Marino, T.; Minicozzi, V.; Morante, S.; Russo, N.Biophys. Chem. 2013, 182, 86. doi: 10.1016/j.bpc.2013.07.002
(53) Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.;Simmerling, C. Proteins 2006, 65, 712. doi: 10.1002/prot.v65:3
(54) Onufriev, A.; Bashford, D.; Case, D. A. Proteins 2004, 55, 383.doi: 10.1002/prot.20033
(55) Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141. doi: 10.1016/S0009-2614(99)01123-9
(56) Mitsutake, A.; Sugita, Y.; Okamoto, Y. Biopolymers 2001, 60,96.
(57) Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; et al. AMBER12; University of California: San Francisco, 2012.
(58) Sippl, M. J. J. Mol. Biol. 1990, 213, 859. doi: 10.1016/S0022-2836(05)80269-4
(59) Dong, X. Y.; Du,W. J.; Liu, F. F. Acta Phys. -Chim. Sin. 2012,28, 2735. [董晓燕, 都文婕, 刘夫锋. 物理化学学报, 2012,28, 2735.] doi: 10.3866/PKU.WHXB201207162
(60) Beauchamp, K. A.; Bowman, G. R.; Lane, T. J.; Maibaum, L.;Haque, I. S.; Pande, V. S. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7,3412. doi: 10.1021/ct200463m
(61) Cronkite-Ratcliff, B.; Pande, V. Bioinformatics 2013, 29, 950.
(62) Khandogin, J.; Brooks, C. L., III. Proc. Nat. Acad. Sci. U. S. A.2007, 104, 16880. doi: 10.1093/bioinformatics/btt051 |