(1) Nichols, B. L.; Avery, S.; Sen, P.; Swallow, D. M.; Hahn, D.;Sterchi, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 1432. doi: 10.1073/pnas.0237170100
(2) Auricchio, S.; Semenza, G.; Rubino, A. Biochim. Biophys. Acta1965, 96, 498.
(3) Semenza, G.; Auricchio, S.; Rubino, A. Biochim. Biophys. Acta1965, 96, 487.
(4) Holman, R. R.; Cull, C. A.; Turner, R. C. Diabetes Care 1999,22, 960. doi: 10.2337/diacare.22.6.960
(5) Silva, C. H.; Taft, C. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 2004, 22, 59.doi: 10.1080/07391102.2004.10506981
(6) Withers, S. G.; Namchuk, M.; Mosi, R. Potent GlycosideInhibitors: Transition State Mimics or Simply FortuitousBinders? In Iminosugars as Glycosidase Inhibitors; Arnold, E.S. Ed.;Wiley: New York, 2004; p 188.
(7) Matsuda, H.; Murakami, T.; Yashiro, K.; Yamahara, J.;Yoshikawa, M. Chem. Pharm. Bull. 1999, 47, 1725. doi: 10.1248/cpb.47.1725
(8) Wang, P. Y.; Kaneko, T.;Wang, Y.; Sato, A. Hepatology 1999,29, 161. doi: 10.1002/hep.510290109
(9) Yoshikawa, M.; Xu, F. M.; Nakamura, S.;Wang, T.; Matsuda,H.; Tanabe, G.; Muraoka, O. Heterocycles 2008, 75, 1397. doi: 10.3987/COM-07-11315
(10) Yoshikawa, M.; Murakami, T.; Shimada, H.; Matsuda, H.;Yamahara, J.; Tanabe, G.; Muraoka, O. Tetrahedron Lett. 1997,38, 8367. doi: 10.1016/S0040-4039(97)10270-2
(11) Matsuda, H.; Li, Y.; Murakami, T.; Matsumura, N.; Yamahara,J.; Yoshikawa, M. Chem. Pharm. Bull. 1998, 46, 1399. doi: 10.1248/cpb.46.1399
(12) Muraoka, O.; Xie,W. J.; Tanabe, G.; Amer, M. F. A.;Minematsu, T.; Yoshikawa, M. Tetrahedron Lett. 2008, 49,7315. doi: 10.1016/j.tetlet.2008.10.036
(13) Minami, Y.; Kurlyarna, C.; Ikeda, K.; Kato, A.; Takebayashi, K.;Adachi, I.; Fleet, G.W. J.; Kettawan, A.; Karnoto, T.; Asano, N.Bioorg. Med. Chem. 2008, 16, 2734. doi: 10.1016/j.bmc.2008.01.032
(14) Mohan, S.; Pinto, B. M. Carbohydr. Res. 2007, 342, 1551. doi: 10.1016/j.carres.2007.05.014
(15) Sim, L.; Jayakanthan, K.; Mohan, S.; Nasi, R.; Johnston, B. D.;Pinto, B. M.; Rose, D. R. Biochemistry-Us 2010, 49, 443. doi: 10.1021/bi9016457
(16) Mohan, S.; Jayakanthan, K.; Nasi, R.; Kuntz, D. A.; Rose, D.R.; Pinto, B. M. Org. Lett. 2010, 12, 1088. doi: 10.1021/ol100080m
(17) Yuasa, H.; Izumi, M.; Hashimoto, H. Curr. Top. Med. Chem.2009, 9, 76. doi: 10.2174/156802609787354270
(18) Case, D.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E.; Simmerling, C.;Wang, J.; Duke, R.; Luo, R.; Crowley, M.;Walker, R.; Zhang,W.; Merz, K. M.;Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.;Kolossváry, I.;Wong, K. F.; Paesani, F.; Vanicek, J.;Wu, X.;Brozell, S.; Steinbrecher, T.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.;Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Mathews, D. H.; Seetin, M.G.; Sagui, C.; Babin, V.; Kollman, P. Amber 11; University ofCalifornia: San Francisco, 2010.
(19) Frisch, M. J.; Trucks, G.W.; Schlegel, H. B.; et al. Gaussian 03,Revision B.03; Gaussian Inc.:Wallingford, CT, 2004.
(20) Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell,W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269. doi: 10.1021/j100142a004
(21) Wang, J. M.;Wolf, R. M.; Caldwell, J.W.; Kollman, P. A.; Case,D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157. doi: 10.1002/jcc.20035
(22) Duan, Y.;Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G. M.;Zhang,W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.;Wang, J. M.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999. doi: 10.1002/jcc.10349
(23) Jorgensen,W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R.W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926. doi: 10.1063/1.445869
(24) Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98,10089. doi: 10.1063/1.464397
(25) Eslami, H.; Mojahedi, F.; Moghadasi, J. J. Chem. Phys. 2010,133, 084105. doi: 10.1063/1.3474951
(26) Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327. doi: 10.1016/0021-9991(77)90098-5
(27) Wang, J.; Hou, T.; Xu, X. Curr. Comput. Aided. Drug. Des.2006, 2, 287. doi: 10.2174/157340906778226454
(28) Kuhn, B.; Kollman, P. A. J. Med. Chem. 2000, 43, 3786. doi: 10.1021/jm000241h
(29) Huo, S.;Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A.; Kuntz, I. D.J. Med. Chem. 2002, 45, 1412. doi: 10.1021/jm010338j
(30) Hou, T.; Yu, R. J. Med. Chem. 2007, 50, 1177. doi: 10.1021/jm0609162
(31) Kuhn, B.; Gerber, P.; Schulz-Gasch, T.; Stahl, M. J. Med. Chem.2005, 48, 4040. doi: 10.1021/jm049081q
(32) Hou, T.;Wang, J.; Li, Y.;Wang,W. J. Comput. Chem. 2011, 32,866. doi: 10.1002/jcc.21666
(33) Hou, T. J.; Xu, Z.; Zhang,W.; McLaughlin,W. A.; Case, D. A.;Xu, Y.;Wang,W. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 639. doi: 10.1074/mcp.M800450-MCP200
(34) Hou, T. J.; Zhang,W.; Case, D. A.;Wang,W. J. Mol. Biol. 2008,376, 1201. doi: 10.1016/j.jmb.2007.12.054
(35) Hou, T. J.; Zhang,W.; Xu, X. J. J. Phys. Chem. B 2001, 105,5304. doi: 10.1021/jp0044476
(36) Hou, T. J.; Zhu, L. L.; Chen, L. R.; Xu, X. J. J. Chem. Inf. Comp. Sci. 2003, 43, 273. doi: 10.1021/ci025552a
(37) Wang, J. M.; Morin, P.;Wang,W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 5221. doi: 10.1021/ja003834q
(38) Hou, T.;Wang, J.; Li, Y.;Wang,W. J. Chem. Inf. Model. 2011,51, 69. doi: 10.1021/ci100275a
(39) Still,W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T.J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127. doi: 10.1021/ja00172a038
(40) Zhang,W.; Hou, T. J.; Qiao, X. B.; Xu, X. J. Acta Phys. -Chim. Sin. 2003, 19, 289. [章威, 侯廷军, 乔学斌, 徐筱杰. 物理化学学报, 2003, 19, 289.] doi: 10.3866/PKU.WHXB20030401
(41) Weiser, J.; Shenkin, P. S.; Still,W. C. J. Comput. Chem. 1999,20, 217. doi: 10.1002/(SICI)1096-987X(19990130)20:2<217::AID-JCC4>3.0.CO;2-A
(42) Onufriev, A.; Bashford, D.; Case, D. A. Proteins 2004, 55, 383.doi: 10.1002/prot.20033
(43) Gohlke, H.; Kiel, C.; Case, D. A. J. Mol. Biol. 2003, 330, 891.doi: 10.1016/S0022-2836(03)00610-7
(44) Sim, L.; Quezada-Calvillo, R.; Sterchi, E. E.; Nichols, B. L.;Rose, D. R. J. Mol. Biol. 2008, 375, 782. doi: 10.1016/j.jmb.2007.10.069
(45) Hou, T.; Qiao, X.; Zhang,W.; Xu, X. J. Phys. Chem. B 2002,106, 11295. doi: 10.1021/jp025595u
(46) Brady, G. P.; Sharp, K. A. J. Mol. Biol. 1995, 254, 77. doi: 10.1006/jmbi.1995.0600
(47) Yuasa, H.; Saotome, C.; Kanie, O. Trends Glycosci. Glycotechnol. 2002, 14, 231.
(48) Eskandari, R.; Jones, K.; Rose, D. R.; Pinto, B. M. Chem. Commun. 2011, 47, 9134. doi: 10.1039/c1cc13052h
(49) Rejto, P. A.; Verkhivker, G. M. Proteins 1997, 28, 313. doi: 10.1002/(SICI)1097-0134(199707)28:3<313::AID-PROT2>3.0.CO;2-D
(50) Pujadas, G.; Palau, J. Protein Sci. 2001, 10, 1645. doi: 10.1110/ps.8201 |