Please wait a minute...
Acta Physico-Chimica Sinca  2017, Vol. 33 Issue (7): 1354-1365    DOI: 10.3866/PKU.WHXB201704144
REVIEW     
Recent Developments in Using Molecular Dynamics Simulation Techniques to Study Biomolecules
1 Laboratory of Molecular Modeling and Design, State key Laboratory of Molecular Reaction Dynamics, Dalian Institute of Chemical Physics, Chinese Academy of Sciences, Dalian 116023, Liaoning Province, P. R. China
2 Liaohe Oil Field General Hospital, Panjin 124010, Liaoning Province, P. R. China
Download: HTML     PDF(741KB) Export: BibTeX | EndNote (RIS)      

Abstract  

Molecular dynamics simulation (MDS) has gained increasing importance in current-day scientific research, as the supplement, guidance, or even replacement of experiments. In this review, we briefly introduce the history of the development of molecular dynamics simulation, focusing on recent progress including new-generation force fields, modern enhanced sampling schemes, and application for the investigation of complex biomolecules.



Key wordsMolecular dynamics simulation      Force field      Enhanced sampling      Enzyme reaction     
Received: 01 December 2016      Published: 14 April 2017
MSC2000:  O641  
Fund:  The project was supported by the National Natural Science Foundation of China(21573217);The project was supported by the National Natural Science Foundation of China(91430110);The project was supported by the National Natural Science Foundation of China(31370714);The project was supported by the National Natural Science Foundation of China(21625302)
Cite this article:

. Recent Developments in Using Molecular Dynamics Simulation Techniques to Study Biomolecules. Acta Physico-Chimica Sinca, 2017, 33(7): 1354-1365.

URL:

http://www.whxb.pku.edu.cn/10.3866/PKU.WHXB201704144     OR     http://www.whxb.pku.edu.cn/Y2017/V33/I7/1354

1 Alder B. J. ; Wainwright T. E. J. Chem. Phys. 1959, 31, 459.
2 McDaniel J. G. ; Schmidt J. R. Annu. Rev. Phys. Chem. 2016, 67, 467.
3 Karplus S. ; Lifson S. Biopolymers 1971, 10, 1973.
4 Warshel A. Israel J. Chem. 1973, 11, 709.
5 Warshel A. ; Levitt M. ; Lifson S. J. Mol. Spectrosc. 1970, 33, 84.
6 Warshel A. ; Lifson S. J. Chem. Phys. 1970, 53, 582.
7 Allinger N. L. ; Yuh Y. H. ; Lii J. H. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 8551.
8 Halgren T. A. Abstr. Pap. Am. Chem. S. 1992, 204, 38.
9 Halgren T. A. ; Bush B. L. Abstr. Pap. Am. Chem. S. 1996, 212, 2.
10 Halgren T. A. ; Nachbar R. B. Abstr. Pap. Am. Chem. S. 1996, 211, 70.
11 Rappe A. K. ; Casewit C. J. ; Colwell K. S. ; Goddard W. A. ; Skiff W. M. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10024.
12 Mayo S. L. ; Olafson B. D. ; Goddard W. A. J. Phys. Chem-Us. 1990, 94, 8897.
13 Case D. A. ; Cheatham T. E.3rd ; Darden T. ; Gohlke H. ; Luo R. ; Merz K. M.Jr. ; Onufriev A. ; Simmerling C. ; Wang B. ; Woods R. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668.
14 Cornell W. D. ; Cieplak P. ; Bayly C. I. ; Gould I. R. ; Merz K. M. ; Ferguson D. M. ; Spellmeyer D. C. ; Fox T. ; Caldwell J. W. ; Kollman P. A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 2309.
15 Best R. B. ; Mittal J. ; Feig M. ; MacKerell A. D., Jr. Biophys. J. 2012, 103, 1045.
16 Guvench O. ; Hatcher E. R. ; Venable R. M. ; Pastor R. W. ; Mackerell A. D. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2353.
17 Hart K. ; Foloppe N. ; Baker C. M. ; Denning E. J. ; Nilsson L. ; Mackerell A. D., Jr. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 348.
18 MacKerell A. D.Jr. ; Banavali N. ; Foloppe N. Biopolymers 2000, 56, 257.
19 Mallajosyula S. S. ; Guvench O. ; Hatcher E. ; Mackerell A. D., Jr. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 759.
20 Raman E. P. ; Guvench O. ; MacKerell A. D., Jr. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 12981.
21 Vanommeslaeghe K. ; Hatcher E. ; Acharya C. ; Kundu S. ; Zhong S. ; Shim J. ; Darian E. ; Guvench O. ; Lopes P. ; Vorobyov I. ; Mackerell A. D., Jr. J. Comput. Chem. 2010, 31, 671.
22 Yu W. ; He X. ; Vanommeslaeghe K. ; MacKerell A. D., Jr. J. Comput. Chem. 2012, 33, 2451.
23 Daura X. ; Oliva B. ; Querol E. ; Aviles F. X. ; Tapia O. Proteins 1996, 25, 89.
24 Hansen H. S. ; Hunenberger P. H. J. Comput. Chem. 2011, 32, 998.
25 Horta B. A. C. ; Lin Z. X. ; Huang W. ; Riniker S. ; van Gunsteren W. F. ; Hunenberger P. H. J. Comput. Chem. 2012, 33, 1907.
26 Kouwijzer M. L. C. E. ; vanEijck B. P. ; Kooijman H. ; Kroon J. Aip. Conf. Proc. 1995, 330, 393.
27 Lins R. D. ; Hunenberger P. H. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1400.
28 Oostenbrink C. ; Soares T. A. ; van der Vegt N. F. A. ; van Gunsteren W. F. Eur. Biophys. J. Biophy. 2005, 34, 273.
29 Ott K. H. ; Meyer B. J. Comput. Chem. 1996, 17, 1068.
30 Pol-Fachin L. ; Rusu V. H. ; Verli H. ; Lins R. D. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4681.
31 Reif M. M. ; Hunenberger P. H. ; Oostenbrink C. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 3705.
32 Smith M. D. ; Rao J. S. ; Segelken E. ; Cruz L. J Chem Inf. Model 2015, 55, 2587.
33 Soares T. A. ; Hunenberger P. H. ; Kastenholz M. A. ; Krautler V. ; Lenz T. ; Lins R. D. ; Oostenbrink C. ; Van Gunsteren W. F. J. Comput. Chem. 2005, 26, 725.
34 Suardiaz R. ; Maestre M. ; Suarez E. ; Perez C. J. Mol. Struc-Theochem. 2006, 778, 21.
35 Jorgensen W. L. ; Maxwell D. S. ; TiradoRives J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225.
36 Kaminski G. A. ; Friesner R. A. ; Tirado-Rives J. ; Jorgensen W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474.
37 Rick S. W. ; Stuart S. J. Rev. Comp. Ch. 2002, 18, 89.
38 Lamoureux G. ; Roux B. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3025.
39 Kratz E. G. ; Walker A. R. ; Lagardere L. ; Lipparini F. ; Piquemal J. P. ; Andres Cisneros G. J. Comput. Chem. 2016, 37, 1019.
40 Nessler, I. J. ; Litman, J. M. ; Schnieders, M. J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2016. doi: 10.1039/c6cp02595a
41 Soderhjelm P. ; Ryde U. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 617.
42 Zhang D. W. ; Zhang J. Z. H. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3599.
43 Yang, Z. Z. Abstr. Pap. Am. Chem. S. 2006, 231.
44 Wang C. S. ; Zhao D. X. ; Yang Z. Z. Chem. Phys. Lett. 2000, 330, 132.
45 Piquemal J. P. ; Gresh N. ; Giessner-Prettre C. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 10353.
46 Jiang F. ; Zhou C. Y. ; Wu Y. D. J. Phys. Chem. B 2014, 118, 6983.
47 Xun S. N. ; Jiang F. ; Wu Y. D. J. Chem. Theory Comput. 2015, 11, 1949.
48 Zhou C. Y. ; Jiang F. ; Wu Y. D. J. Phys. Chem. B 2015, 119, 1035.
49 Ponder J. W. ; Wu C. J. ; Ren P. Y. ; Pande V. S. ; Chodera J. D. ; Schnieders M. J. ; Haque I. ; Mobley D. L. ; Lambrecht D. S. ; DiStasio R. A. ; Head-Gordon M. ; Clark G. N. I. ; Johnson M. E. ; Head-Gordon T. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 2549.
50 Shi Y. ; Xia Z. ; Zhang J. J. ; Best R. ; Wu C. J. ; Ponder J. W. ; Ren P. Y. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 4046.
51 Peng X. D. ; Zhang Y. B. ; Chu H. Y. ; Li Y. ; Zhang D. L. ; Cao L. R. ; Li G. H. J. Chem. Theory Comput. 2016, 12, 2973.
52 Konig G. ; Hudson P. S. ; Boresch S. ; Woodcock H. L. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 1406.
53 Konig G. ; Pickard F. C. t. ; Mei Y. ; Brooks B. R. J. Comput. Aided Mol. Des. 2014, 28, 245.
54 Konig G. ; Mei Y. ; Pickard F. C. ; Simmonett A. C. ; Miller B. T. ; Herbert J. M. ; Woodcock H. L. ; Brooks B. R. ; Shao Y. H. J. Chem. Theory Comput. 2016, 12, 332.
55 Dybeck E. C. ; Konig G. ; Brooks B. R. ; Shirts M. R. J. Chem. Theory Comput. 2016, 12, 1466.
56 Warshel A. ; Levitt M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227.
57 Boulanger E. ; Thiel W. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 1795.
58 Boulanger E. ; Thiel W. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4527.
59 Lipparini F. ; Cappelli C. ; Barone V. J. Chem. Phys. 2013, 138, 234108.
60 Lipparini F. ; Cappelli C. ; Barone V. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4153.
61 Caprasecca S. ; Jurinovich S. ; Lagardere L. ; Stamm B. ; Lipparini F. J. Chem. Theory Comput. 2015, 11, 694.
62 Caprasecca S. ; Jurinovich S. ; Viani L. ; Curutchet C. ; Mennucci B. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 1588.
63 Thellamurege N. M. ; Si D. ; Cui F. ; Zhu H. ; Lai R. ; Li H. J. Comput. Chem. 2013, 34, 2816.
64 Caprasecca S. ; Curutchet C. ; Mennucci B. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 4462.
65 Sneskov K. ; Schwabe T. ; Christiansen O. ; Kongsted J. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 18551.
66 Schwabe T. ; Olsen J. M. ; Sneskov K. ; Kongsted J. ; Christiansen O. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 2209.
67 Olsen J. M. ; Aidas K. ; Mikkelsen K. V. ; Kongsted J. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 249.
68 Curutchet C. ; Munoz-Losa A. ; Monti S. ; Kongsted J. ; Scholes G. D. ; Mennucci B. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1838.
69 Nielsen C. B. ; Christiansen O. ; Mikkelsen K. V. ; Kongsted J. J. Chem. Phys. 2007, 126, 154112.
70 Loco D. ; Polack E. ; Caprasecca S. ; Lagardere L. ; Lipparini F. ; Piquemal J. P. ; Mennucci B. J. Chem. Theory Comput. 2016, 12, 3654.
71 Dziedzic J. ; Mao Y. ; Shao Y. ; Ponder J. ; Head-Gordon T. ; Head-Gordon M. ; Skylaris C. K. J. Chem. Phys. 2016, 145, 124106.
72 Han J. ; Truhlar D. G. ; Gao J. Theor. Chem. Acc. 2012, 131, 1161.
73 Leverentz H. R. ; Gao J. ; Truhlar D. G. Theor. Chem. Acc. 2011, 129, 3.
74 Xie W. ; Orozco M. ; Truhlar D. G. ; Gao J. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 459.
75 Song L. ; Han J. ; Lin Y. L. ; Xie W. ; Gao J. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 11656.
76 Xie W. ; Gao J. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1890.
77 Xie, W. S. ; Song, L. C. ; Truhlar, D. G. ; Gao, J. L. J. Chem. Phys. 2008, 128. doi: Artn23410810.1063/1.2936122
78 Xie W. S. ; Song L. C. ; Truhlar D. G. ; Gao J. L. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 14124.
79 Gao J. L. J. Chem. Phys. 1998, 109, 2346.
80 Gao J. L. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 657.
81 Phillips J. C. ; Braun R. ; Wang W. ; Gumbart J. ; Tajkhorshid E. ; Villa E. ; Chipot C. ; Skeel R. D. ; Kale L. ; Schulten K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781.
82 Brooks B. R. ; Brooks C. L. ; Mackerell A. D. ; Nilsson L. ; Petrella R. J. ; Roux B. ; Won Y. ; Archontis G. ; Bartels C. ; Boresch S. ; Caflisch A. ; Caves L. ; Cui Q. ; Dinner A. R. ; Feig M. ; Fischer S. ; Gao J. ; Hodoscek M. ; Im W. ; Kuczera K. ; Lazaridis T. ; Ma J. ; Ovchinnikov V. ; Paci E. ; Pastor R. W. ; Post C. B. ; Pu J. Z. ; Schaefer M. ; Tidor B. ; Venable R. M. ; Woodcock H. L. ; Wu X. ; Yang W. ; York D. M. ; Karplus M. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1545.
83 Han, J. ; Mazack, M. J. M. ; Zhang, P. ; Truhlar, D. G. ; Gao, J. L. J. Chem. Phys. 2013, 139. doi: Artn05450310.1063/1.4816280
84 Stukan M. R. ; Asmadi A. ; Abdallah W. J. Mol. Liq. 2013, 180, 65.
85 Rohrdanz M. A. ; Zheng W. W. ; Clementi C. Annu. Rev. Phys. Chem. 2013, 64, 295.
86 Shaw, D. E. ; Deneroff, M. M. ; Dror, R. O. ; Kuskin, J. S. ; Larson, R. H. ; Salmon, J. K. ; Young, C. ; Batson, B. ; Bowers, K. J. ; Chao, J. C. ; Eastwood, M. P. ; Gagliardo, J. ; Grossman, J. P. ; Ho, C. R. ; Ierardi, D. J. ; Kolossvary, I. ; Klepeis, J. L. ; Layman, T. ; McLeavey, C. ; Moraes, M. A. ; Mueller, R. ; Priest, E. C. ; Shan, Y. B. ; Spengler, J. ; Theobald, M. ; Towles, B. ; Wang, S. C. Conf. Proc. Int. Symp. C 2007, 1.
87 Shaw D. E. ; Deneroff M. M. ; Dror R. O. ; Kuskin J. S. ; Larson R. H. ; Salmon J. K. ; Young C. ; Batson B. ; Bowers K. J. ; Chao J. C. ; Eastwood M. P. ; Gagliardo J. ; Grossman J. P. ; Ho C. R. ; Ierardi D. J. ; Kolossvary I. ; Klepeis J. L. ; Layman T. ; Mcleavey C. ; Moraes M. A. ; Mueller R. ; Priest E. C. ; Shan Y. B. ; Spengler J. ; Theobald M. ; Towles B. ; Wang S. C. Commun. Acm. 2008, 51, 91.
88 Shaw, D. E. ; Dror, R. O. ; Salmon, J. K. ; Grossman, J. P. ; Mackenzie, K. M. ; Bank, J. A. ; Young, C. ; Deneroff, M. M. ; Batson, B. ; Bowers, K. J. ; Chow, E. ; Eastwood, M. P. ; Ierardi, D. J. ; Klepeis, J. L. ; Kuskin, J. S. ; Larson, R. H. ; Lindorff-Larsen, K. ; Maragakis, P. ; Moraes, M. A. ; Piana, S. ; Shan, Y. B. ; Towles, B. Proceedings of the Conference on High Performance Computing Networking, Storage and Analysis 2009.
89 Grossman, J. P. ; Towles, B. ; Greskamp, B. ; Shaw, D. E. Int. Parall. Distrib. P 2015, 860. doi: 10.1109/Ipdps.2015.42
90 Kumar S. ; Bouzida D. ; Swendsen R. H. ; Kollman P. A. ; Rosenberg J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011.
91 Shirts, M. R. ; Chodera, J. D. J. Chem. Phys. 2008, 129. doi: Artn12410510.1063/1.2978177
92 Mey, A. S. J. S. ; Wu, H. ; Noe, F. Phys. Rev. X 2014, 4. doi: ARTN04101810.1103/PhysRevX.4.041018
93 Compoint M. ; Picaud F. ; Ramseyer C. ; Girardet C. J. Chem. Phys. 2005, 122, 134707.
94 Aci S. ; Mazier S. ; Genest D. J. Mol. Biol. 2005, 351, 520.
95 Kruger P. ; Verheyden S. ; Declerck P. J. ; Engelborghs Y. Protein Sci. 2001, 10, 798.
96 Ferrara P. ; Apostolakis J. ; Caflisch A. Proteins 2000, 39, 252.
97 Schlitter J. ; Engels M. ; Kruger P. J. Mol. Graph 1994, 12, 84.
98 Bussi G. ; Laio A. ; Parrinello M. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 090601.
99 Laio A. ; Rodriguez-Fortea A. ; Gervasio F. L. ; Ceccarelli M. ; Parrinello M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6714.
100 Gervasio F. L. ; Laio A. ; Parrinello M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 2600.
101 Asciutto E. ; Sagui C. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 7682.
102 Micheletti C. ; Laio A. ; Parrinello M. Phys. Rev. Lett. 2004, 92, 170601.
103 Kurtovic Z. ; Marchi M. ; Chandler D. Mol. Phys. 1993, 78, 1155.
104 Ding K. J. ; Valleau J. P. J. Chem. Phys. 1993, 98, 3306.
105 Hooft R. W. W. ; Vaneijck B. P. ; Kroon J. J. Chem. Phys. 1992, 97, 6690.
106 Mezei M. Mol. Simulat. 1989, 3, 301.
107 Mezei M. J. Comput. Phys. 1987, 68, 237.
108 Harvey S. C. ; Prabhakaran M. J. Phys. Chem-Us. 1987, 91, 4799.
109 Shing K. S. ; Gubbins K. E. Mol. Phys. 1981, 43, 717.
110 Peters B. ; Heyden A. ; Bell A. T. ; Chakraborty A. J. Chem. Phys. 2004, 120, 7877.
111 Weinan, E. ; Ren, W. Q. ; Vanden-Eijnden, E. Phys. Rev. B 2002, 66. doi: ARTN05230110.1103/PhysRevB.66.052301
112 Tait R. J. ; Zhong J. L. Int. J. Nonlinear. Mech. 1993, 28, 713.
113 West, A. M. A. ; Elber, R. ; Shalloway, D. J. Chem. Phys. 2007, 126. doi: Artn14510410.1063/1.2716389
114 Majek P. ; Elber R. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1805.
115 Aristoff D. ; Bello-Rivas J. M. ; Elber R. Multiscale Model Sim. 2016, 14, 301.
116 Cardenas A. E. ; Elber R. J. Phys. Chem. B 2016, 120, 8208.
117 Abrams C. ; Bussi G. Entropy-Switz 2014, 16, 163.
118 Min D. ; Zheng L. ; Harris W. ; Chen M. ; Lv C. ; Yang W. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2253.
119 Nymeyer H. ; Gnanakaran S. ; Garcia A. E. Methods Enzymol. 2004, 383, 119.
120 Rhee Y. M. ; Pande V. S. Biophys. J. 2003, 84, 775.
121 Jang S. ; Shin S. ; Pak Y. Phys. Rev. Lett. 2003, 91, 058305.
122 Yamamoto R. ; Kob W. Phys. Rev. E Stat. Phys. Plasmas Fluids Relat. Interdiscip Topics 2000, 61, 5473.
123 Machta J. ; Newman M. E. ; Chayes L. B. Phys. Rev. E Stat. Phys. Plasmas Fluids Relat. Interdiscip Topics 2000, 62, 8782.
124 Wu X. ; Brooks B. R. ; Vanden-Eijnden E. J. Comput. Chem. 2016, 37, 595.
125 Wu X. ; Damjanovic A. ; Brooks B. R. Adv. Chem. Phys. 2012, 150, 255.
126 Damjanovic A. ; Wu X. ; Garcia-Moreno E. B. ; Brooks B. R. Biophys. J. 2008, 95, 4091.
127 Lv C. ; Zheng L. ; Yang W. J. Chem. Phys. 2012, 136, 044103.
128 Zheng L. ; Yang W. J. Chem. Phys. 2008, 129, 014105.
129 Li H. ; Min D. ; Liu Y. ; Yang W. J. Chem. Phys. 2007, 127, 094101.
130 de Oliveira C. A. ; Hamelberg D. ; McCammon J. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 22695.
131 Hamelberg D. ; Shen T. ; Andrew McCammon J. J. Chem. Phys. 2005, 122, 241103.
132 Choudhary D. ; Clancy P. J. Chem. Phys. 2005, 122, 154509.
133 Miron R. A. ; Fichthorn K. A. Phys. Rev. Lett. 2004, 93, 128301.
134 Hamelberg D. ; Mongan J. ; McCammon J. A. J. Chem. Phys. 2004, 120, 11919.
135 Miao Y. L. ; McCammon J. A. Mol. Simulat. 2016, 42, 1046.
136 Gao, Y. Q. J. Chem. Phys. 2008, 128. doi: Artn06410510.1063/1.2825614
137 Yang L. ; Liu C. W. ; Shao Q. ; Zhang J. ; Gao Y. Q. Acc. Chem. Res. 2015, 48, 947.
138 Murata K. ; Sugita Y. ; Okamoto Y. Slow Dynamics in Complex Systems 2004, 708, 332.
139 Murata K. ; Sugita Y. ; Okamoto Y. Chem. Phys. Lett. 2004, 385, 1.
140 Awasthi S. ; Kapil V. ; Nair N. N. J. Comput. Chem. 2016, 37, 1413.
141 Wang, Q. ; Xue, T. ; Song, C. N. ; Wang, Y. ; Chen, G. J. Int. J. Mol. Sci. 2016, 17. doi: 10.3390/ijms17050692
142 Bartels C. ; Karplus M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1450.
143 Higo J. ; Dasgupta B. ; Mashimo T. ; Kasahara K. ; Fukunishi Y. ; Nakamura H. J. Comput. Chem. 2015, 36, 1489.
144 Higo, J. ; Umezawa, K. ; Nakamura, H. J. Chem. Phys. 2013, 138. doi: Artn18410610.1063/1.4803468
145 Park S. ; Beaven A. H. ; Klauda J. B. ; Im W. J. Chem. Theory Comput. 2015, 11, 3466.
146 Park S. ; Im W. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 2719.
147 Park S. ; Im W. J. Chem. Theory Comput. 2013, 9, 13.
148 Dasgupta B. ; Junichi H. ; Nakamura H. Biophys. J. 2016, 110, 55a.
149 Jo S. ; Suh D. ; He Z. W. ; Chipot C. ; Roux B. J. Phys. Chem. B 2016, 120, 8733.
150 Wu H. ; Noe F. Multiscale Model Sim. 2014, 12, 25.
151 Hansen H. S. ; Hunenberger P. H. J. Comput. Chem. 2010, 31, 1.
152 Wu P. ; Hu X. ; Yang W. J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2, 2099.
153 Bieler N. S. ; H?uselmann R. ; Hünenberger P. H. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 3006.
154 Bieler N. S. ; Tschopp J. P. ; Hunenberger P. H. J. Chem. Theory Comput. 2015, 11, 2575.
155 Barducci, A. ; Bussi, G. ; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2008, 100. doi: ARTN02060310.1103/PhysRevLett.100.020603
156 Dama, J. F. ; Parrinello, M. ; Voth, G. A. Phys. Rev. Lett. 2014, 112. doi: ARTN24060210.1103/PhysRevLett.112.240602
157 Dama J. F. ; Rotskoff G. ; Parrinello M. ; Voth G. A. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 3626.
158 Sun R. ; Dama J. F. ; Tan J. S. ; Rose J. P. ; Voth G. A. J. Chem. Theory Comput. 2016, 12, 5157.
159 Goodall M. C. Nature 1962, 196, 370.
160 Quhe R. G. ; Nava M. ; Tiwary P. ; Parrinello M. J. Chem. Theory Comput. 2015, 11, 1383.
161 Chandler D. ; Wolynes P. G. J. Chem. Phys. 1981, 74, 4078.
162 Peng Y. X. ; Cao Z. ; Zhou R. H. ; Voth G. A. J. Chem. Theory Comput. 2014, 10, 3634.
163 Nava M. ; Quhe R. ; Palazzesi F. ; Tiwary P. ; Parrinello M. J. Chem. Theory Comput. 2015, 11, 5114.
164 Nava, M. ; Palazzesi, F. ; Perego, C. ; Parrinello, M. arXiv: 1607. 04846 2016.
165 Smith C. A. B. Int. Stat. Rev. 1975, 43, 242.
166 Kadane J. B. J. Am. Stat. Assoc. 1975, 70, 248.
167 Titekar V. G. Curr. Sci. India. 1974, 43, 327.
168 Scott A. J. Aust. J. Stat. 1974, 16, 186.
169 Hill B. M. Technometrics 1974, 16, 478.
170 Perez A. ; MacCallum J. L. ; Dill K. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A 2015, 112, 11846.
171 MacCallum J. L. ; Perez A. ; Dill K. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U S A 2015, 112, 6985.
172 Lelievre T. ; Rousset M. ; Stoltz G. Nonlinearity 2008, 21, 1155.
173 Darve, E. ; Rodriguez-Gomez, D. ; Pohorille, A. J. Chem. Phys. 2008, 128. doi: Artn14412010.1063/1.2829861
174 Kim, J. G. ; Fukunishi, Y. ; Nakamura, H. Phys. Rev. E 2004, 70. doi: ARTN05710310.1103/PhysRevE.70.057103
175 Valsson, O. ; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2014, 113. doi: Artn09060110.1103/PhysRevLett.113.090601
176 McCarty J. ; Valsson O. ; Parrinello M. J. Chem. Theory Comput. 2016, 12, 2162.
177 Shaffer P. ; Valsson O. ; Parrinello M. P Natl. Acad. Sci. USA 2016, 113, 1150.
178 Shaffer P. ; Valsson O. ; Parrinello M. J. Chem. Theory Comput. 2016, 12, 5751.
179 Lindorff-Larsen K. ; Piana S. ; Dror R. O. ; Shaw D. E. Science 2011, 334, 517.
180 Jensen M. O. ; Jogini V. ; Borhani D. W. ; Leffler A. E. ; Dror R. O. ; Shaw D. E. Science 2012, 336, 229.
181 Dror R. O. ; Green H. F. ; Valant C. ; Borhani D. W. ; Valcourt J. R. ; Pan A. C. ; Arlow D. H. ; Canals M. ; Lane J. R. ; Rahmani R. ; Baell J. B. ; Sexton P. M. ; Christopoulos A. ; Shaw D. E. Nature 2013, 503, 295.
182 Llabrés S. ; Juárez-Jiménez J. ; Masetti M. ; Leiva R. ; Vázquez S. ; Gazzarrini S. ; Moroni A. ; Cavalli A. ; Luque F. J. J. Am. Chem. Soc. 2016, 138, 15345.
183 Lee S. ; Mao A. ; Bhattacharya S. ; Robertson N. ; Grisshammer R. ; Tate C. G. ; Vaidehi N. J. Am. Chem. Soc. 2016, 138, 15425.
184 Genna V. ; Vidossich P. ; Ippoliti E. ; Carloni P. ; Vivo M. J. Am. Chem. Soc. 2016, 138, 14592.
185 Marrink S. J. ; Risselada H. J. ; Yefimov S. ; Tieleman D. P. ; de Vries A. H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812.
186 Wan C. K. ; Han W. ; Wu Y. D. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 300.
187 Orsi, M. ; Essex, J. W. Plos. One 2011, 6. doi: Artne2863710.1371/journal.pone.0028637
188 Zavadlav, J. ; Melo, M. N. ; Marrink, S. J. ; Praprotnik, M. J. Chem. Phys. 2014, 140. doi: Artn05411410.1063/1.4863329
189 Zavadlav J. ; Podgornik R. ; Melo M. N. ; Marrink S. J. ; Praprotnik M. Eur. Phys. J-Spec. Top 2016, 225, 1595.
190 Bereau T. ; Deserno M. J. Membr. Biol. 2015, 248, 395.
191 Bereau T. ; Wang Z. J. ; Deserno M. J. Chem. Phys. 2014, 140, 115101.
192 Zamani, M. ; Kremer, S. C. Ieee. Int. C. Bioinform. 2015, 1304.
193 Saha S. ; Ekbal A. ; Sharma S. ; Bandyopadhyay S. ; Maulik U. Adv. Intell. Syst. 2013, 182, 57.
[1] Fu-Feng LIU,Yu-Bo FAN,Zhen LIU,Shu BAI. Molecular Mechanism Underlying Affinity Interactions between ZAβ3 and the Aβ16-40 Monomer[J]. Acta Physico-Chimica Sinca, 2017, 33(9): 1905-1914.
[2] CHEN Fang, LIU Yuan-Yuan, WANG Jian-Long, Su Ning-Ning, LI Li-Jie, CHEN Hong-Chun. nvestigation of the Co-Solvent Effect on the Crystal Morphology of β-HMX using Molecular Dynamics Simulations[J]. Acta Physico-Chimica Sinca, 2017, 33(6): 1140-1148.
[3] CHEN Yi-Jian, ZHOU Hong-Tao, GE Ji-Jiang, XU Gui-Ying. Aggregation Behavior of Double-Chained Anionic Surfactant 1-Cm-C9-SO3Na at Air/Liquid Interface: Molecular Dynamics Simulation[J]. Acta Physico-Chimica Sinca, 2017, 33(6): 1214-1222.
[4] Qing-Kang LIU,Wen-Ping SONG,Qi-Tao HUANG,Guang-Yu ZHANG,Zhen-Xiu HOU. ReaxFF Reactive Molecular Dynamics Simulation of the Oxidation of Silicon-doped Amorphous Carbon Film in Heat-assisted Magnetic Recording[J]. Acta Physico-Chimica Sinca, 2017, 33(12): 2472-2479.
[5] Yi-Ran SUN,Fei YU,Jie MA. Research Progress of Nanoconfined Water[J]. Acta Physico-Chimica Sinca, 2017, 33(11): 2173-2183.
[6] WU Shao-Gui, FENG Dan. Free Energy Calculation for Base Pair Dissociation in a DNA Duplex[J]. Acta Physico-Chimica Sinca, 2016, 32(5): 1282-1288.
[7] LIU Zi-Yu, LIAO Qi, JIN Zhi-Qiang, ZHANG Lei, ZHANG Lu. Effect of Electrolytes on the Interfacial Behavior of Nonionic-Anionic Surfactant Solutions Using Molecular Dynamics Simulations[J]. Acta Physico-Chimica Sinca, 2016, 32(5): 1168-1174.
[8] XIE Wei, XU Ze-Ren, WANG Ming, XU Si-Chuan. Molecular Dynamics Simulation for Levo-Benzedrine to Transmit through Molecular Channels within D3R[J]. Acta Physico-Chimica Sinca, 2016, 32(4): 907-920.
[9] LI Qing, YANG Deng-Feng, WANG Jian-Hua, WU Qi, LIU Qing-Zhi. Biomimetic Modification and Desalination Behavior of (15,15) Carbon Nanotubes with a Diameter Larger than 2 nm[J]. Acta Physico-Chimica Sinca, 2016, 32(3): 691-700.
[10] MENG Xian-Mei, ZHANG Shao-Long, ZHANG Qing-Gang . Effect of the Allosteric Inhibitor Efavirenz on HIV-1 Reverse Transcriptase by Molecular Dynamics Simulation[J]. Acta Physico-Chimica Sinca, 2016, 32(2): 436-444.
[11] HE Lan-Lan, GUO Yu, ZHAO Jian, JIANG Xin-Rui, YANG Zhong-Zhi, ZHAO Dong-Xia. Study on Coordination Microstructure andWater Exchange Reaction of Zn2+ Aqueous Solutions through Molecular Dynamics Simulations Using the ABEEMσπ Polarizable Force Field[J]. Acta Physico-Chimica Sinca, 2016, 32(12): 2921-2931.
[12] SHEN Hong-Chen, DING Ji-Yong, LI Li, LIU Fu-Feng. Effect of Y220C Mutant on the Conformational Transition of p53C Probed by Molecular Dynamics Simulation[J]. Acta Physico-Chimica Sinca, 2016, 32(10): 2620-2627.
[13] ZHANG Qiang, CHENG Cheng, ZHANG Xia, ZHAO Dong-Xia. Jump Rotational Mechanism of Ammonium Ion in Aqueous Solutions[J]. Acta Physico-Chimica Sinca, 2015, 31(8): 1461-1467.
[14] Lü Ye-Qing, ZHENG Shi-Li, WANG Shao-Na, DU Hao, ZHANG Yi. Structure and Diffusivity of Oxygen in Concentrated Alkali-Metal Hydroxide Solutions: A Molecular Dynamics Simulation Study[J]. Acta Physico-Chimica Sinca, 2015, 31(6): 1045-1053.
[15] SHEN Zhuang-Lin, HE Gao-Hong, ZHANG Ning, HAO Ce. Molecular Dynamics Simulation of Reverse-Osmotic Salt Rejection and Water Transport through Double-Walled Carbon Nanotube[J]. Acta Physico-Chimica Sinca, 2015, 31(6): 1025-1034.