物理化学学报 >> 2020, Vol. 36 >> Issue (1): 1907010.doi: 10.3866/PKU.WHXB201907010
所属专题: 庆祝唐有祺院士百岁华诞专刊
刘思睿1,权慧1,田昊1,周瑞2,杨立江1,高毅勤1,2,*()
收稿日期:
2019-07-01
录用日期:
2019-08-30
发布日期:
2019-09-06
通讯作者:
高毅勤
E-mail:gaoyq@pku.edu.cn
作者简介:
高毅勤,1972年出生。1993年本科毕业于四川大学化学学院,1996年在中国科学院化学研究所获硕士学位,2001年在美国加州理工学院获得博士学位。2010年起任北京大学化学与分子工程学院教授,2013年起同时担任北京大学生物动态光学成像中心研究员。现为教育部长江学者特聘教授,国家杰出青年科学基金获得者,科技部“中青年科技创新领军人才”。主要从事生物物理化学/理论化学方面的基础研究,寻求复杂化学和生物体系的物理本质和分子机理
基金资助:
Sirui Liu1,Hui Quan1,Hao Tian1,Rui Zhou2,Lijiang Yang1,Yiqin Gao1,2,*()
Received:
2019-07-01
Accepted:
2019-08-30
Published:
2019-09-06
Contact:
Yiqin Gao
E-mail:gaoyq@pku.edu.cn
Supported by:
摘要:
染色质高级结构在基因调控中起到不可忽视的作用,染色质结构的形成与调控机制受到广泛关注。“相分离”理论近年来受到较多关注,异染色质与转录因子在其中的作用引人瞩目。但是,目前的相分离模型更关注结合因子与表观遗传性质,对DNA序列自身的作用理解尚较不充分。许多物种基因组的序列分布均具有多尺度的不均一性,仅基于CpG岛(CpG island,CGI)密度差异这一序列性质,就可以划分出基因、表观遗传、结构和转录性质都截然不同的高CGI密度“森林”和低CGI密度“草原”两种序列区域,体现了基因组自身的马赛克性。本文聚焦染色质结构的序列依赖性,讨论了染色质结构模型的研究进展,关注在序列几乎相同的不同细胞类型中的序列-结构关系及其功能调控,对发育、分化、衰老、疾病等多种过程的染色质结构变化进行了系统分析。针对基于序列的染色质相分离模型,对其物理驱动力进行了讨论,并在该模型的框架下基于相分离的物理特性,对温度、序列不均一性等物理因素对染色质结构可能造成的影响进行了探讨。
刘思睿,权慧,田昊,周瑞,杨立江,高毅勤. 基于一维序列的三维染色质相分离:驱动力、过程与功能[J]. 物理化学学报, 2020, 36(1): 1907010.
Sirui Liu,Hui Quan,Hao Tian,Rui Zhou,Lijiang Yang,Yiqin Gao. 1D Sequence Based 3D Chromatin Phase Separation: Forces, Processes, and Functions[J]. Acta Physico-Chimica Sinica, 2020, 36(1): 1907010.
表1
CGI森林与草原区域的性质差异"
Features | CGI forest | CGI prairie |
Average length/Mb | 1.63 | 1.82 |
Ratio of length/% | 43.48 | 49.64 |
Gene proportion/% | 78.5 | 21.5 |
Housekeeping gene proportion/% | 91.3 | 8.7 |
Gene density/Mb-1 | 14.52 | 3.06 |
Pol Ⅱ average peak density/Mb-1 | 13.3 | 2.30 |
DHS average peak density/Mb-1 | 86.2 | 17.6 |
H3K4me1 average peak density/kb-1 | 13.0 | 5.12 |
H3K4me3 average peak density/kb-1 | 5.32 | 0.924 |
H3K9me3 average peak density/kb-1 | 7.16 | 7.71 |
1 |
Helmut S. J. Phys. Condens. Matter 2003, 15, R699.
doi: 10.1088/0953-8984/27/6/060301 |
2 |
Cortini R. ; Barbi M. ; Care B. R. ; Lavelle C. ; Lesne A. ; Mozziconacci J. ; Victor J. M. Rev. Mod. Phys. 2016, 88, 025002.
doi: 10.1103/Revmodphys.88.025002 |
3 |
Thoma F. ; Koller T. ; Klug A. J. Cell Biol. 1979, 83, 403.
doi: 10.1083/jcb.83.2.403 |
4 |
Finch J. T. ; Klug A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1976, 73, 1897.
doi: 10.1073/pnas.73.6.1897 |
5 |
Cremer T. ; Cremer M. Cold Spring Harb. Perspect. Biol. 2010, 2, a003889.
doi: 10.1101/cshperspect.a003889 |
6 |
Lieberman-Aiden E. ; van Berkum N. L. ; Williams L. ; Imakaev M. ; Ragoczy T. ; Telling A. ; Amit I. ; Lajoie B. R. ; Sabo P. J. ; Dorschner M. O. ; et al Science 2009, 326, 289.
doi: 10.1126/science.1181369 |
7 |
Fullwood M. J. ; Liu M. H. ; Pan Y. F. ; Liu J. ; Xu H. ; Mohamed Y. B. ; Orlov Y. L. ; Velkov S. ; Ho A. ; Mei P. H. ; et al Nature 2009, 462, 58.
doi: 10.1038/nature08497 |
8 |
Dixon J. R. ; Selvaraj S. ; Yue F. ; Kim A. ; Li Y. ; Shen Y. ; Hu M. ; Liu J. S. ; Ren B. Nature 2012, 485, 376.
doi: 10.1038/nature11082 |
9 |
Nora E. P. ; Lajoie B. R. ; Schulz E. G. ; Giorgetti L. ; Okamoto I. ; Servant N. ; Piolot T. ; van Berkum N. L. ; Meisig J. ; Sedat J. ; et al Nature 2012, 485, 381.
doi: 10.1038/nature11049 |
10 |
Sexton T. ; Yaffe E. ; Kenigsberg E. ; Bantignies F. ; Leblanc B. ; Hoichman M. ; Parrinello H. ; Tanay A. ; Cavalli G. Cell 2012, 148, 458.
doi: 10.1016/j.cell.2012.01.010 |
11 |
Rao S. S. ; Huntley M. H. ; Durand N. C. ; Stamenova E. K. ; Bochkov I. D. ; Robinson J. T. ; Sanborn A. L. ; Machol I. ; Omer A. D. ; Lander E. S. ; et al Cell 2014, 159, 1665.
doi: 10.1016/j.cell.2014.11.021 |
12 |
Dixon J. R. ; Jung I. ; Selvaraj S. ; Shen Y. ; Antosiewicz-Bourget J. E. ; Lee A. Y. ; Ye Z. ; Kim A. ; Rajagopal N. ; Xie W. ; et al Nature 2015, 518, 331.
doi: 10.1038/nature14222 |
13 |
Schmitt A. D. ; Hu M. ; Jung I. ; Xu Z. ; Qiu Y. ; Tan C. L. ; Li Y. ; Lin S. ; Lin Y. ; Barr C. L. ; et al Cell Rep. 2016, 17, 2042.
doi: 10.1016/j.celrep.2016.10.061 |
14 |
Boettiger A. N. ; Bintu B. ; Moffitt J. R. ; Wang S. ; Beliveau B. J. ; Fudenberg G. ; Imakaev M. ; Mirny L. A. ; Wu C. T. ; Zhuang X. Nature 2016, 529, 418.
doi: 10.1038/nature16496 |
15 |
Zuin J. ; Dixon J. R. ; van der Reijden M. I. ; Ye Z. ; Kolovos P. ; Brouwer R. W. ; van de Corput M. P. ; van de Werken H. J. ; Knoch T. A. ; van IJcken W. F. ; et al Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014, 111, 996.
doi: 10.1073/pnas.1317788111 |
16 |
Jabbari K. ; Bernardi G. PloS One 2017, 12, e0168023.
doi: 10.1371/journal.pone.0168023 |
17 |
Lesne A. ; Riposo J. ; Roger P. ; Cournac A. ; Mozziconacci J. Nat. Methods 2014, 11, 1141.
doi: 10.1038/Nmeth.3104 |
18 |
Huet S. ; Lavelle C. ; Ranchon H. ; Carrivain P. ; Victor J. M. ; Bancaud A. Int. Rev. Cell. Mol. Biol. 2014, 307, 443.
doi: 10.1016/B978-0-12-800046-5.00013-8 |
19 |
Wong H. ; Marie-Nelly H. ; Herbert S. ; Carrivain P. ; Blanc H. ; Koszul R. ; Fabre E. ; Zimmer C. Curr. Biol. 2012, 22, 1881.
doi: 10.1016/j.cub.2012.07.069 |
20 |
Jost D. ; Carrivain P. ; Cavalli G. ; Vaillant C. Nucleic Acids Res. 2014, 42, 9553.
doi: 10.1093/nar/gku698 |
21 |
Filion G. J. ; van Bemmel J. G. ; Braunschweig U. ; Talhout W. ; Kind J. ; Ward L. D. ; Brugman W. ; de Castro I. J. ; Kerkhoven R. M. ; Bussemaker H. J. ; et al Cell 2010, 143, 212.
doi: 10.1016/j.cell.2010.09.009 |
22 |
Zhu Y. ; Chen Z. ; Zhang K. ; Wang M. C. ; Medovoy D. ; Whitaker J. W. ; Ding B. ; Li N. ; Zheng L. N. ; Wang W. Nat. Commun. 2016, 7, 10812.
doi: 10.1038/Ncomms10812 |
23 |
Huang J. L. ; Marco E. ; Pinello L. ; Yuan G. C. Genome Biol. 2015, 16, 162.
doi: 10.1186/S13059-015-0740-Z |
24 |
Fortin J. P. ; Hansen K. D. Genome Biol. 2015, 16, 180.
doi: 10.1186/s13059-015-0741-y |
25 |
Mirny L. A. Chromosome Res. 2011, 19, 37.
doi: 10.1007/s10577-010-9177-0 |
26 |
Scolari V. F. ; Sclavi B. ; Cosentino Lagomarsino M. Front. Microbiol. 2015, 6, 424.
doi: 10.3389/fmicb.2015.00424 |
27 |
Falk M. ; Feodorova Y. ; Naumova N. ; Imakaev M. ; Lajoie B. R. ; Leonhardt H. ; Joffe B. ; Dekker J. ; Fudenberg G. ; Solovei I. ; et al Nature 2019, 570, 395.
doi: 10.1038/s41586-019-1275-3 |
28 |
Di Pierro M. ; Zhang B. ; Aiden E. L. ; Wolynes P. G. ; Onuchic J. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2016, 113, 12168.
doi: 10.1073/pnas.1613607113 |
29 |
Zhang B. ; Wolynes P. G. Phys. Rev. Lett. 2016, 116, 248101.
doi: 10.1103/PhysRevLett.116.248101 |
30 |
Xie W. J. ; Meng L. ; Liu S. ; Zhang L. ; Cai X. ; Gao Y. Q. Sci. Rep. 2017, 7, 2818.
doi: 10.1038/s41598-017-02923-6 |
31 |
Ellis R. J. Trends. Biochem. Sci. 2001, 26, 597.
doi: 10.1016/S0968-0004(01)01938-7 |
32 |
Hyman A. A. ; Brangwynne C. P. Dev. Cell 2011, 21, 14.
doi: 10.1016/j.devcel.2011.06.013 |
33 |
Rivas G. ; Minton A. P. Trends. Biochem. Sci. 2016, 41, 970.
doi: 10.1016/j.tibs.2016.08.013 |
34 |
Zimmerman S. B. ; Minton A. P. Annu. Rev. Biophys. Biom. Struct. 1993, 22, 27.
doi: 10.1146/annurev.bb.22.060193.000331 |
35 |
Schnell S. ; Turner T. E. Prog. Biophys. Mol. Biol. 2004, 85, 235.
doi: 10.1016/j.pbiomolbio.2004.01.012 |
36 |
Wang J. ; Yang L. ; Zhu T. ; Wang S. ; Chen Z. Acta Phys. -Chim. Sin. 2016, 32, 2027.
doi: 10.3866/PKU.WHXB201605033 |
王娇; 杨利军; 朱甜甜; 汪慎之; 陈忠秀. 物理化学学报, 2016, 32, 2027.
doi: 10.3866/PKU.WHXB201605033 |
|
37 |
Zhang Y. ; Tang Q. ; Cao H. ; Zheng X. Acta Phys. -Chim. Sin. 2013, 29, 1785.
doi: 10.3866/PKU.WHXB201305271 |
张玉姣; 唐乾; 曹洪玉; 郑学仿. 物理化学学报, 2013, 29, 1785.
doi: 10.3866/PKU.WHXB201305271 |
|
38 |
Zhou H. X. ; Rivas G. ; Minton A. P. Annu. Rev. Biophys. 2008, 37, 375.
doi: 10.1146/annurev.biophys.37.032807.125817 |
39 |
Zhou B. R. ; Zhou Z. ; Hu Q. L. ; Chen J. ; Liang Y. Biochim. Biophys. Acta 2008, 1784, 472.
doi: 10.1016/j.bbapap.2008.01.004 |
40 |
Monterroso B. ; Reija B. ; Jiménez M. ; Zorrilla S. ; Rivas G. PloS One 2016, 11, e0149060.
doi: 10.1371/journal.pone.0149060 |
41 |
Du F. ; Zhou Z. ; Mo Z. Y. ; Shi J. Z. ; Chen J. ; Liang Y. J. Mol. Biol. 2006, 364, 469.
doi: 10.1016/j.jmb.2006.09.018 |
42 |
Bancaud A. ; Huet S. ; Daigle N. ; Mozziconacci J. ; Beaudouin J. ; Ellenberg J. EMBO J. 2009, 28, 3785.
doi: 10.1038/emboj.2009.340 |
43 |
Kim J. S. ; Backman V. ; Szleifer I. Phys. Rev. Lett. 2011, 106, 168102.
doi: 10.1103/PhysRevLett.106.168102 |
44 |
Wu F. ; Swain P. ; Kuijpers L. ; Zheng X. ; Felter K. ; Guurink M. ; Chaudhuri D. ; Mulder B. ; Dekker C. bioRxiv 2018, 348052
doi: 10.1101/348052 |
45 |
Walter A. ; Chapuis C. ; Huet S. ; Ellenberg J. J. Struct. Biol. 2013, 184, 445.
doi: 10.1016/j.jsb.2013.10.004 |
46 |
Marenduzzo D. ; Micheletti C. ; Cook P. R. Biophys. J. 2006, 90, 3712.
doi: 10.1529/biophysj.105.077685 |
47 |
Junier I. ; Martin O. ; Kepes F. PLoS Comput. Biol. 2010, 6, e1000678.
doi: 10.1371/journal.pcbi.1000678 |
48 |
Barbieri M. ; Chotalia M. ; Fraser J. ; Lavitas L. M. ; Dostie J. ; Pombo A. ; Nicodemi M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 16173.
doi: 10.1073/pnas.1204799109 |
49 |
Scolari V. F. ; Cosentino Lagomarsino M. Soft Matt. 2015, 11, 1677.
doi: 10.1039/c4sm02434f |
50 |
Larson A. G. ; Elnatan D. ; Keenen M. M. ; Trnka M. J. ; Johnston J. B. ; Burlingame A. L. ; Agard D. A. ; Redding S. ; Narlikar G. J. Nature 2017, 547, 236.
doi: 10.1038/nature22822 |
51 |
Strom A. R. ; Emelyanov A. V. ; Mir M. ; Fyodorov D. V. ; Darzacq X. ; Karpen G. H. Nature 2017, 547, 241.
doi: 10.1038/nature22989 |
52 |
Boija A. ; Klein I. A. ; Sabari B. R. ; Dall'Agnese A. ; Coffey E. L. ; Zamudio A. V. ; Li C. H. ; Shrinivas K. ; Manteiga J. C. ; Hannett N. M. ; et al Cell 2018, 175, 1842.
doi: 10.1016/j.cell.2018.10.042 |
53 |
Hnisz D. ; Shrinivas K. ; Young R. A. ; Chakraborty A. K. ; Sharp P. A. Cell 2017, 169, 13.
doi: 10.1016/j.cell.2017.02.007 |
54 |
Erdel F. ; Rippe K. Biophys. J. 2018, 114, 2262.
doi: 10.1016/j.bpj.2018.03.011 |
55 |
Alipour E. ; Marko J. F. Nucleic Acids Res. 2012, 40, 11202.
doi: 10.1093/nar/gks925 |
56 |
Sanborn A. L. ; Rao S. S. ; Huang S. C. ; Durand N. C. ; Huntley M. H. ; Jewett A. I. ; Bochkov I. D. ; Chinnappan D. ; Cutkosky A. ; Li J. ; et al Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2015, 112, E6456.
doi: 10.1073/pnas.1518552112 |
57 |
Fudenberg G. ; Imakaev M. ; Lu C. ; Goloborodko A. ; Abdennur N. ; Mirny L. A. Cell Rep. 2016, 15, 2038.
doi: 10.1016/j.celrep.2016.04.085 |
58 |
Weintraub A. S. ; Li C. H. ; Zamudio A. V. ; Sigova A. A. ; Hannett N. M. ; Day D. S. ; Abraham B. J. ; Cohen M. A. ; Nabet B. ; Buckley D. L. ; et al Cell 2017, 171, 1573.
doi: 10.1016/j.cell.2017.11.008 |
59 |
Banani S. F. ; Lee H. O. ; Hyman A. A. ; Rosen M. K. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2017, 18, 285.
doi: 10.1038/nrm.2017.7 |
60 |
Brangwynne C. P. ; Tompa P. ; Pappu R. V. Nat. Phys. 2015, 11, 899.
doi: 10.1038/nphys3532 |
61 |
Bernardi G. ; Olofsson B. ; Filipski J. ; Zerial M. ; Salinas J. ; Cuny G. ; Meunier-Rotival M. ; Rodier F. Science 1985, 228, 953.
doi: 10.1126/science.4001930 |
62 |
Costantini M. ; Clay O. ; Auletta F. ; Bernardi G. Genome Res. 2006, 16, 536.
doi: 10.1101/gr.4910606 |
63 |
Quante T. ; Bird A. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2016, 17, 257.
doi: 10.1038/nrm.2015.31 |
64 |
Deaton A. M. ; Bird A. Genes Dev. 2011, 25, 1010.
doi: 10.1101/gad.2037511 |
65 |
Schneider R. ; Grosschedl R. Genes Dev. 2007, 21, 3027.
doi: 10.1101/gad.1604607 |
66 |
Clauset A. ; Shalizi C. R. ; Newman M. E. J. Siam. Rev. 2009, 51, 661.
doi: 10.1137/070710111 |
67 |
Li W. Phys. Rev. A 1991, 43, 5240.
doi: 10.1103/physreva.43.5240 |
68 |
Azbel M. Y. Phys. Rev. Lett. 1973, 31, 589.
doi: 10.1103/PhysRevLett.31.589 |
69 |
Azbel M. Y. ; Kantor Y. ; Verkh L. ; Vilenkin A. Biopolymers 1982, 21, 1687.
doi: 10.1002/bip.360210816 |
70 |
Azbel M. Y. Phys. Rev. Lett. 1995, 75, 168.
doi: 10.1103/PhysRevLett.75.168 |
71 |
Grosberg A. ; Rabin Y. ; Havlin S. ; Neer A. Europhys. Lett. 1993, 23, 373.
doi: 10.1209/0295-5075/23/5/012 |
72 |
Liu S. ; Zhang L. ; Quan H. ; Tian H. ; Meng L. ; Yang L. ; Feng H. ; Gao Y. Q. Nucleic Acids Res. 2018.
doi: 10.1093/nar/gky633 |
73 |
Du Z. ; Zheng H. ; Huang B. ; Ma R. ; Wu J. ; Zhang X. ; He J. ; Xiang Y. ; Wang Q. ; Li Y. ; et al Nature 2017, 547, 232.
doi: 10.1038/nature23263 |
74 |
Ke Y. ; Xu Y. ; Chen X. ; Feng S. ; Liu Z. ; Sun Y. ; Yao X. ; Li F. ; Zhu W. ; Gao L. ; et al Cell 2017, 170, 367.
doi: 10.1016/j.cell.2017.06.029 |
75 |
Lu F. ; Liu Y. ; Inoue A. ; Suzuki T. ; Zhao K. ; Zhang Y. Cell 2016, 165, 1375.
doi: 10.1016/j.cell.2016.05.050 |
76 |
Flyamer I. M. ; Gassler J. ; Imakaev M. ; Brandao H. B. ; Ulianov S. V. ; Abdennur N. ; Razin S. V. ; Mirny L. A. ; Tachibana-Konwalski K. Nature 2017, 544, 110.
doi: 10.1038/nature21711 |
77 |
Quan H. ; Liu S. ; Zhang Y. ; Xie W. ; Gao Y. Q. bioRxiv 2019, 521401v1.
doi: 10.1101/521401 |
78 |
Efroni S. ; Duttagupta R. ; Cheng J. ; Dehghani H. ; Hoeppner D. J. ; Dash C. ; Bazett-Jones D. P. ; Le Grice S. ; McKay R. D. ; Buetow K. H. ; et al Cell Stem Cell 2008, 2, 437.
doi: 10.1016/j.stem.2008.03.021 |
79 |
Park S. H. ; Park S. H. ; Kook M. C. ; Kim E. Y. ; Park S. ; Lim J. H. Ultrastruct. Pathol. 2004, 28, 229.
doi: 10.1080/01913120490515595 |
80 |
Hawkins R. D. ; Hon G. C. ; Lee L. K. ; Ngo Q. ; Lister R. ; Pelizzola M. ; Edsall L. E. ; Kuan S. ; Luu Y. ; Klugman S. ; et al Cell Stem Cell 2010, 6, 479.
doi: 10.1016/j.stem.2010.03.018 |
81 |
Meshorer E. ; Yellajoshula D. ; George E. ; Scambler P. J. ; Brown D. T. ; Misteli T. Dev. Cell 2006, 10, 105.
doi: 10.1016/j.devcel.2005.10.017 |
82 |
Bonev B. ; Mendelson Cohen N. ; Szabo Q. ; Fritsch L. ; Papadopoulos G. L. ; Lubling Y. ; Xu X. ; Lv X. ; Hugnot J. P. ; Tanay A. ; et al Cell 2017, 171, 557.
doi: 10.1016/j.cell.2017.09.043 |
83 |
Chandra T. ; Ewels P. A. ; Schoenfelder S. ; Furlan-Magaril M. ; Wingett S. W. ; Kirschner K. ; Thuret J. Y. ; Andrews S. ; Fraser P. ; Reik W. Cell Rep. 2015, 10, 471.
doi: 10.1016/j.celrep.2014.12.055 |
84 |
Chandra T. ; Kirschner K. ; Thuret J. Y. ; Pope B. D. ; Ryba T. ; Newman S. ; Ahmed K. ; Samarajiwa S. A. ; Salama R. ; Carroll T. ; et al Mol. Cell 2012, 47, 203.
doi: 10.1016/j.molcel.2012.06.010 |
85 |
Singhal N. ; Graumann J. ; Wu G. ; Arauzo-Bravo M. J. ; Han D. W. ; Greber B. ; Gentile L. ; Mann M. ; Scholer H. R. Cell 2010, 141, 943.
doi: 10.1016/j.cell.2010.04.037 |
86 |
Gaspar-Maia A. ; Alajem A. ; Polesso F. ; Sridharan R. ; Mason M. J. ; Heidersbach A. ; Ramalho-Santos J. ; McManus M. T. ; Plath K. ; Meshorer E. ; et al Nature 2009, 460, 863.
doi: 10.1038/nature08212 |
87 |
Wang L. ; Du Y. ; Ward J. M. ; Shimbo T. ; Lackford B. ; Zheng X. ; Miao Y. L. ; Zhou B. ; Han L. ; Fargo D. C. ; et al Cell Stem Cell 2014, 14, 575.
doi: 10.1016/j.stem.2014.02.013 |
88 |
Barutcu A. R. ; Maass P. G. ; Lewandowski J. P. ; Weiner C. L. ; Rinn J. L. Nat. Commun. 2018, 9, 1444.
doi: 10.1038/s41467-018-03614-0 |
89 |
Wang F. ; Higgins J. M. Trends Cell Biol. 2013, 23, 175.
doi: 10.1016/j.tcb.2012.11.005 |
90 |
Thomson I. ; Gilchrist S. ; Bickmore W. A. ; Chubb J. R. Curr. Biol. 2004, 14, 166.
doi: 10.1016/j.cub.2003.12.024 |
91 |
Walter J. ; Schermelleh L. ; Cremer M. ; Tashiro S. ; Cremer T. J. Cell Biol. 2003, 160, 685.
doi: 10.1083/jcb.200211103 |
92 |
Nagano T. ; Lubling Y. ; Stevens T. J. ; Schoenfelder S. ; Yaffe E. ; Dean W. ; Laue E. D. ; Tanay A. ; Fraser P. Nature 2013, 502, 59.
doi: 10.1038/nature12593 |
93 |
Egli D. ; Birkhoff G. ; Eggan K. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2008, 9, 505.
doi: 10.1038/nrm2439 |
94 |
Sabari B. R. ; Dall'Agnese A. ; Boija A. ; Klein I. A. ; Coffey E. L. ; Shrinivas K. ; Abraham B. J. ; Hannett N. M. ; Zamudio A. V. ; Manteiga J. C. ; et al Science 2018, 361, eaar3958.
doi: 10.1126/science.aar3958 |
95 |
Rademacher A. ; Erdel F. ; Trojanowski J. ; Schumacher S. ; Rippe K. J. Cell Sci. 2017, 130, 4213.
doi: 10.1242/jcs.205534 |
96 |
Janicki S. M. ; Tsukamoto T. ; Salghetti S. E. ; Tansey W. P. ; Sachidanandam R. ; Prasanth K. V. ; Ried T. ; Shav-Tal Y. ; Bertrand E. ; Singer R. H. ; et al Cell 2004, 116, 683.
doi: 10.1016/S0092-8674(04)00171-0 |
97 |
Li G. ; Ruan X. ; Auerbach R. K. ; Sandhu K. S. ; Zheng M. ; Wang P. ; Poh H. M. ; Goh Y. ; Lim J. ; Zhang J. ; et al Cell 2012, 148, 84.
doi: 10.1016/j.cell.2011.12.014 |
98 |
Hsieh T. H. ; Weiner A. ; Lajoie B. ; Dekker J. ; Friedman N. ; Rando O. J. Cell 2015, 162, 108.
doi: 10.1016/j.cell.2015.05.048 |
99 |
Hsieh T. H. S. ; Fudenberg G. ; Goloborodko A. ; Rando O. J. Nat. Methods 2016, 13, 1009.
doi: 10.1038/nmeth.4025 |
100 |
Hsieh T. H. S. ; Slobodyanyuk E. ; Hansen A. S. ; Cattoglio C. ; Rando O. J. ; Tjian R. ; Darzacq X. bioRxiv 2019, 638775
doi: 10.1101/638775 |
101 |
Sexton T. ; Cavalli G. Cell 2015, 160, 1049.
doi: 10.1016/j.cell.2015.02.040 |
102 |
Barbieri M. ; Chotalia M. ; Fraser J. ; Lavitas L. M. ; Dostie J. ; Pombo A. ; Nicodemi M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 16173.
doi: 10.1073/pnas.1204799109 |
103 |
Jin F. ; Li Y. ; Dixon J. R. ; Selvaraj S. ; Ye Z. ; Lee A. Y. ; Yen C. A. ; Schmitt A. D. ; Espinoza C. A. ; Ren B. Nature 2013, 503, 290.
doi: 10.1038/nature12644 |
104 |
Sanyal A. ; Lajoie B. R. ; Jain G. ; Dekker J. Nature 2012, 489, 109.
doi: 10.1038/nature11279 |
105 |
Toth K. F. ; Knoch T. A. ; Wachsmuth M. ; Frank-Stohr M. ; Stohr M. ; Bacher C. P. ; Muller G. ; Rippe K. J. Cell Sci. 2004, 117, 4277.
doi: 10.1242/jcs.01293 |
106 |
Hsu J. Y. ; Sun Z. W. ; Li X. ; Reuben M. ; Tatchell K. ; Bishop D. K. ; Grushcow J. M. ; Brame C. J. ; Caldwell J. A. ; Hunt D. F. ; et al Cell 2000, 102, 279.
doi: 10.1016/s0092-8674(00)00034-9 |
107 |
Crosio C. ; Fimia G. M. ; Loury R. ; Kimura M. ; Okano Y. ; Zhou H. ; Sen S. ; Allis C. D. ; Sassone-Corsi P. Mol. Cell Biol. 2002, 22, 874.
doi: 10.1128/mcb.22.3.874-885.2002 |
108 | Van Hooser A. ; Goodrich D. W. ; Allis C. D. ; Brinkley B. R. ; Mancini M. A. J Cell Sci. 1998, 111 (Pt 23), 3497. |
109 |
West M. H. ; Bonner W. M. Nucleic Acids Res. 1980, 8, 4671.
doi: 10.1093/nar/8.20.4671 |
110 |
Xiao T. ; Kao C. F. ; Krogan N. J. ; Sun Z. W. ; Greenblatt J. F. ; Osley M. A. ; Strahl B. D. Mol. Cell Biol. 2005, 25, 637.
doi: 10.1128/mcb.25.2.637-651.2005 |
111 |
Fierz B. ; Chatterjee C. ; McGinty R. K. ; Bar-Dagan M. ; Raleigh D. P. ; Muir T. W. Nat. Chem. Biol. 2011, 7, 113.
doi: 10.1038/nchembio.501 |
112 |
Kadauke S. ; Blobel G. A. Epigenetics Chromatin 2013, 6, 6.
doi: 10.1186/1756-8935-6-6 |
113 |
Naumova N. ; Imakaev M. ; Fudenberg G. ; Zhan Y. ; Lajoie B. R. ; Mirny L. A. ; Dekker J. Science 2013, 342, 948.
doi: 10.1126/science.1236083 |
114 |
Nagano T. ; Lubling Y. ; Varnai C. ; Dudley C. ; Leung W. ; Baran Y. ; Mendelson Cohen N. ; Wingett S. ; Fraser P. ; Tanay A. Nature 2017, 547, 61.
doi: 10.1038/nature23001 |
115 |
Simonis M. ; Klous P. ; Splinter E. ; Moshkin Y. ; Willemsen R. ; de Wit E. ; van Steensel B. ; de Laat W. Nat. Genet. 2006, 38, 1348.
doi: 10.1038/ng1896 |
116 |
Zhang L. ; Xie W. J. ; Liu S. ; Meng L. ; Gu C. ; Gao Y. Q. Biophys. J. 2017, 113, 1395.
doi: 10.1016/j.bpj.2017.08.019 |
117 |
Graf W. ; Porje I. G. ; Allgoth A. M. Gastroenterologia 1955, 83, 233.
doi: 10.1159/000200143 |
118 |
Dewasmes G. ; Loos N. ; Delanaud S. ; Ramadan W. ; Dewasmes D. Sleep 2003, 26, 948.
doi: 10.1093/sleep/26.8.948 |
119 |
Liu C. ; Cheng Y. J. ; Wang J. W. ; Weigel D. Nat. Plants 2017, 3, 742.
doi: 10.1038/s41477-017-0005-9 |
120 |
Xiao H. ; Run X. ; Cao X. ; Su Y. ; Sun Z. ; Tian C. ; Sun S. ; Liang Z. Psychiatry Clin. Neurosci. 2013, 67, 493.
doi: 10.1111/pcn.12091 |
121 |
Ahmadian-Attari M. M. ; Dargahi L. ; Mosaddegh M. ; Kamalinejad M. ; Khallaghi B. ; Noorbala F. ; Ahmadiani A. Neurotox. Res. 2015, 28, 95.
doi: 10.1007/s12640-015-9525-0 |
122 | Lawson R. N. ; Chughtai M. S. Can. Med. Assoc. J. 1963, 88, 68. |
123 | Chandrasoma, P.; Taylor, C. R. Concise Pathology, 3rd ed.; Appleton & Lange: Stamford, Connecticut, US, 1998; p. 1040. |
124 |
Johnston R. K. ; Snell T. W. Exp. Gerontol. 2016, 78, 12.
doi: 10.1016/j.exger.2016.02.014 |
125 |
Conti B. ; Sanchez-Alavez M. ; Winsky-Sommerer R. ; Morale M. C. ; Lucero J. ; Brownell S. ; Fabre V. ; Huitron-Resendiz S. ; Henriksen S. ; Zorrilla E. P. ; et al Science 2006, 314, 825.
doi: 10.1126/science.1132191 |
126 |
Waalen J. ; Buxbaum J. N. J. Gerontol. A-Biol. Sci. Med. Sci. 2011, 66, 487.
doi: 10.1093/gerona/glr001 |
127 |
Bernardi G. Gene 2000, 241, 3.
doi: 10.1016/S0378-1119(99)00485-0 |
128 |
White C. R. ; Seymour R. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 4046.
doi: 10.1073/pnas.0436428100 |
129 |
Brattstrom B. H. Am. Midl. Nat. 1965, 73, 376.
doi: 10.2307/2423461 |
130 |
Coulondre C. ; Miller J. H. ; Farabaugh P. J. ; Gilbert W. Nature 1978, 274, 775.
doi: 10.1038/274775a0 |
131 |
Dudchenko O. ; Batra S. S. ; Omer A. D. ; Nyquist S. K. ; Hoeger M. ; Durand N. C. ; Shamim M. S. ; Machol I. ; Lander E. S. ; Aiden A. P. ; et al Science 2017, 356, 92.
doi: 10.1126/science.aal3327 |
[1] | 张长胜,来鲁华. 生物分子液-液相分离的物理化学机制[J]. 物理化学学报, 2020, 36(1): 1907053 - . |
[2] | 韩杰,梁秋菊,曲轶,刘剑刚,韩艳春. 基于苝二酰亚胺类非富勒烯受体共混体系凝聚态结构调控[J]. 物理化学学报, 2018, 34(4): 391 -406 . |
[3] | 袁俊,刘晔,朱灿,沈平,万梅秀,冯柳柳,邹应萍. 基于侧链不对称喹喔啉聚合物的高效非富勒烯太阳电池[J]. 物理化学学报, 2018, 34(11): 1272 -1278 . |
[4] | 麦俊林,孙德林,全学波,李理波,周健. 耗散粒子动力学模拟Nafion-[Bmim][TfO]离子液体复合膜的介观结构[J]. 物理化学学报, 2016, 32(7): 1649 -1657 . |
[5] | 于欢, 杨辉, 姚睿, 郭兴忠. 银纳米颗粒负载阶层多孔二氧化硅块体的制备及表征[J]. 物理化学学报, 2014, 30(7): 1384 -1390 . |
[6] | 郭兴忠, 李文彦, 朱阳, 中西和樹, 金森主祥, 杨辉. 溶胶-凝胶伴随相分离制备SiO2多孔块体[J]. 物理化学学报, 2013, 29(03): 646 -652 . |
[7] | 伍绍贵, 孙婷, 周萍, 周俊. 显式溶剂模型模拟嵌段共聚物在纳米微滴中的图案化结构[J]. 物理化学学报, 2012, 28(04): 978 -984 . |
[8] | 卓祖亮, 张福俊, 许晓伟, 王健, 卢丽芳, 徐征. 退火处理提高P3HT:PCBM聚合物太阳能电池光伏性能[J]. 物理化学学报, 2011, 27(04): 875 -880 . |
[9] | 姚素薇 ;吴海霞;王宏智;张卫国. 半导体Si上电沉积Cu-Co颗粒膜及其巨磁电阻效应[J]. 物理化学学报, 2005, 21(08): 915 -919 . |
[10] | 陈勇;柳明珠;金淑萍 陈世兰. PDEA和P(DEA-co-NHMAA)稀水溶液相分离行为研究[J]. 物理化学学报, 2005, 21(06): 591 -595 . |
[11] | 吴迪;蔡伟民. 壳聚糖-盐酸溶液中温度敏感的相分离行为[J]. 物理化学学报, 2002, 18(06): 554 -557 . |
[12] | 郭立平;韩甫田;成之绪. 半结晶聚酯的两相分离及其可靠性分析[J]. 物理化学学报, 2002, 18(04): 372 -376 . |
[13] | 黄耀熊. 盐对C8-卵磷脂胶团溶液相分离的作用[J]. 物理化学学报, 1997, 13(02): 134 -139 . |
[14] | 李学刚,赵国玺. 混合阴、阳离子表面活性剂溶液中的分子相互作用和相分离[J]. 物理化学学报, 1995, 11(05): 450 -453 . |
[15] | 刘立志, 姜炳政, 周恩乐. 聚四氢呋喃-聚甲基丙烯酸甲酯两嵌段共聚物的结晶行为[J]. 物理化学学报, 1994, 10(05): 428 -433 . |
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