(1) Himmel, M. E.; Ding, S. Y.; Johnson, D. K.; Adney, W. S.; Nimlos, M. R.; Brady, J.W.; Foust, T. D. Science 2007, 315 (5813), 804. doi: 10.1126/science.1137016
(2) Dionisi, D.; Anderson, J. A.; Aulenta, F.; McCue, A.; Paton, G. J. Chem. Technol. Biotechol. 2014, 90 (3), 366. doi: 10.1002/jctb.4544
(3) Shallom, D.; Shoham, Y. Curr. Opin. Microbiol. 2003, 6 (3), 219. doi: 10.1016/s1369-5274(03)00056-0
(4) Lorenz, W.W.; Wiegel, J. J. Bacteriol. 1997, 179 (17), 5436.
(5) Minic, Z.; Rihouey, C.; Do, C. T.; Lerouge, P.; Jouanin, L. Plant. Physiol. 2004, 135 (2), 867. doi: 10.1104/pp.104.041269
(6) Sunna, A.; Antranikian, G. Crit. Rev. Biotechnol. 1997, 17 (1), 39. doi: 10.3109/07388559709146606
(7) Knob, A.; Terrasan, C. R. F.; Carmona, E. C. World. J. Microb. Biot. 2010, 26 (3), 389. doi: 10.1007/s11274-009-0190-4
(8) Davies, G.; Henrissat, B. Structure 1995, 3 (9), 853. doi: 10.1016/S0969-2126(01)00220-9
(9) Rye, C. S.; Withers, S. G. Curr. Opin. Chem. Biol. 2000, 4 (5), 573. doi: 10.1016/S1367-5931(00)00135-6
(10) White, A.; Rose, D. R. Curr. Opin. Struc. Biol. 1997, 7 (5), 645. doi: 10.1016/s0959-440x(97)80073-5
(11) Barker, I. J.; Petersen, L.; Reilly, P. J. J. Phys. Chem. B 2010, 114 (46), 15389. doi: 10.1021/jp107886e
(12) Jordan, D. B.; Wagschal, K.; Grigorescu, A. A.; Braker, J. D. Appl. Microbiol. Biotechnol. 2013, 97 (10), 4415. doi: 10.1007/s00253-012-4475-4
(13) Vasella, A.; Davies, G. J.; Bohm, M. Curr. Opin. Chem. Biol. 2002, 6 (5), 619. doi: 10.1016/s1367-5931(02)00380-0
(14) Mccarter, J. D.; Withers, S. G. Curr. Opin. Struc. Biol. 1994, 4 (6), 885. doi: 10.1016/0959-440x(94)90271-2
(15) Zechel, D. L.; Withers, S. G. Curr. Opin. Chem. Biol. 2001, 5 (6), 643. doi: 10.1016/s1367-5931(01)00260-5
(16) Ludwiczek, M. L.; D'Angelo, I.; Yalloway, G. N.; Brockerman, J. A.; Okon, M.; Nielsen, J. E.; Strynadka, N. C. J.; Withers, S. G.; McIntosh, L. P. Biochemistry 2013, 52 (18), 3138. doi: 10.1021/bi400034m
(17) Dong, X. Y.; Du, W. J.; Liu, F. F. Acta Phys. -Chim. Sin. 2012, 28, 2735. [董晓燕, 都文婕, 刘夫锋. 物理化学学报, 2012, 28, 2735.] doi: 10.3866/pku.whxb201207162
(18) Dror, R. O.; Dirks, R. M.; Grossman, J. P.; Xu, H. F.; Shaw, D. E. Ann. Rev. Biophys. 2012, 41, 429. doi: 10.1146/annurevbiophys-042910-155245
(19) Yang, J. K.; Yoon, H. J.; Ahn, H. J.; Lee, B. I.; Pedelacq, J. D.; Liong, E. C.; Berendzen, J.; Laivenieks, M.; Vieille, C.; Zeikus, G. J.; Vocadlo, D. J.; Withers, S. G.; Suh, S.W. J. Mol. Biol. 2004, 335 (1), 155. doi: 10.1016/j.jmb.2003.10.026
(20) Santos, C. R.; Polo, C. C.; Correa, J. M.; Simao, R. D. G.; Seixas, F. A. V.; Murakami, M. T. Acta Crystallogra. D-Biol. Crystallogr. 2012, 68 (Suppl. 10), 1339. doi: 10.1107/s0907444912028491
(21) Brux, C.; Ben-David, A.; Shallom-Shezifi, D.; Leon, M.; Niefind, K.; Shoham, G.; Shoham, Y.; Schomburg, D. J. Mol. Biol. 2006, 359 (1), 97. doi: 10.1016/j.jmb.2006.03.005
(22) Brunzelle, J. S.; Jordan, D. B.; McCaslin, D. R.; Olczak, A.; Wawrzak, Z. Arch. Biochem. Biophys. 2008, 474 (1), 157. doi: 10.1016/j.abb.2008.03.007
(23) Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4 (3), 435. doi: 10.1021/ct700301q
(24) Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins 2006, 65 (3), 712. doi: 10.1002/prot.21123
(25) Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79 (2), 926. doi: 10.1063/1.445869
(26) Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98 (12), 10089. doi: 10.1063/1.464397
(27) Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Vangunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81 (8), 3684. doi: 10.1063/1.448118
(28) Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graph. Model. 1996, 14 (1), 33. doi: 10.1016/0263-7855(96)00018-5
(29) Delano, W. L. The PyMOL Molecular Graphics System; Delano Scientific: San Carlos, CA, 2002.
(30) Mhlongo, N. N.; Skelton, A. A.; Kruger, G.; Soliman, M. E. S.; Williams, I. H. Proteins 2014, 82 (9), 1747. doi: 10.1002/prot.24528
(31) Mohamed, I. P. K.; Subramani, K. Acta Phys. -Chim. Sin. 2009, 25, 2357. [Mohamed, I. P. K., Subramani, K. 物理化学学报, 2009, 25, 2357.] doi: 10.3866/PKU.WHXB20091131
(32) Huang, Q.; Opitz, R.; Knapp, E.W.; Herrmann, A. Biophys. J. 2002, 82 (2), 1050.
(33) Sondergaard, C. R.; Olsson, M. H. M.; Rostkowski, M.; Jensen, J. H. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7 (7), 2284. doi: 10.1021/ct200133y
(34) Seeber, M.; Cecchini, M.; Rao, F.; Settanni, G.; Caflisch, A. Bioinformatics 2007, 23 (19), 2625. doi: 10.1093/bioinformatics/btm378
(35) Saha, B. C. J. Ind. Microbiol. Biot. 2001, 27 (4), 241. doi: 10.1038/sj.jim.7000184
(36) Chavez, R.; Bull, P.; Eyzaguirre, J. J. Biotechnol. 2006, 123 (4), 413. doi: 10.1016/j.jbiotec.2005.12.036
(37) Eswar, N.; Eramian, D.; Webb, B.; Shen, M. Y.; Sali, A. Protein Structure Modeling with MODELLER; Humana Press: New York, 2008.
(38) Kirschner, K. N.; Yongye, A. B.; Tschampel, S. M.; Gonzalez- Outeirino, J.; Daniels, C. R.; Foley, B. L.; Woods, R. J. J. Comput. Chem. 2008, 29 (4), 622. doi: 10.1002/jcc.20820
(39) Shallom, D.; Leon, M.; Bravman, T.; Ben-David, A.; Zaide, G.; Belakhov, V.; Shoham, G.; Schomburg, D.; Baasov, T.; Shoham, Y. Biochemistry 2005, 44 (1), 387. doi: 10.1021/bi048059w
(40) Yu, H. B.; Griffiths, T. M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2014, 16 (12), 5785. doi: 10.1039/c4cp00351a |